药剂科诞生于西南医院建院之初，是我国率先提出临床药学概念并实际建设临床药学学科的医院药学部门之一，多次获复旦版专科声誉排行榜提名（重庆第1、全国前20）。目前为国家卫健委、中国医师协会、中华医学会、军队、国家紧缺人才(临床药师)培训基地，军队临床药师师资培训基地，国家/军队药物临床试验机构，世卫组织INRUN医院合理用药副组长单位，重庆市首批临床药学重点专科，重庆市唯一的药物代谢工程技术研究中心和通过ISO 17025认证的药学标准化实验室，陆军军医大学临床药物治疗学教研室。

学科建设了一支结构合理、技术精湛的医教研专家与骨干队伍，拥有博士、硕士研究生导师等专业技术人员共149人。其中，省部级以上专业学会主委4名，国自然评审专家3名，《Nature Reviews Drug Discovery》、《American Journal of Health Promotion》、《中国药房》等杂志主编、副主编和编委4名。

科室在“重症及感染个体化用药”、“军特药及创新剂型研发”、“战救药学保障与服务”等方面形成特色与优势，学科高质量评分位列医院前10（共49个科室），近5年承担省部级以上科研课题40余项，累计科研经费500余万元；制定行业标准及指南40项；主编、副主编教材或专著10余部；在国内外期刊上发表学术论文300余篇，发表SCI论文75篇，其中JCR一区论文16篇。获重庆市教学成果一等奖1项，军队科技进步三等奖1项，重庆市科技进步三等奖1项；授权国家发明专利/实用新型6项；主办全国、全军和地区性学术会议31次，与会人数3万余人。