西南医院于1956年设立胸腔内科。1962年成立呼吸病科，包含了结核科。其间几经分合，于1978年自大内科分出组建呼吸科病房（称内三东）。1980年呼吸科独立建科。
二十世纪八十年代中期，呼吸科进入了一个快速发展的阶段，并于1985年被批准为临床硕士学位授予学科。在西南地区乃至国内先后率先开展了胸膜活检、经纤支镜肺活检（TBLB）、支气管碘水造影、支气管肺泡灌洗、支气管动脉灌注介入治疗、经纤支镜微波治疗，经皮细针肺穿刺活检等多项临床诊疗新技术，使得呼吸系统疾病的诊断技术得到了较大的发展，从而奠定了我科在西南地区的领先地位。尤其是自行研制的改良Abrams胸膜活检针，在临床胸膜腔疾病的诊断中得到了广泛的应用，并大大提高了胸膜腔疾病的阳性诊断率，使得胸膜活检技术迅速在全国范围内得以推广，遍及全国20多个省、市、自治区。
八十年代后期及九十年代初，科室的工作重点仍放在临床诊疗技术的改进与提高上，率先在西南地区开展了胸膜腔造影术证实了由于胸膜下肺大疱破裂造成自发性气胸的机制，经鼻纤支镜气管插管机械通气治疗，同时也初步开展了一些基础性实验研究，尤其在肺癌的基础研究上，钙调素与肺癌细胞增殖活力的研究，应用流式细胞仪检测肺癌细胞增殖活力，在国内率先进行了肺癌细胞原代培养，探讨了TGFβ1基因转染对肺巨细胞癌细胞增殖的调控、P53基因点突变、缺失与肺癌的关系、芳香化酶在肺癌组织中的表达及其与肿瘤的关系、钙调素拮抗剂TFP对原代肺细胞化疗敏感性的影响；在国内率先对COPD患者的膈肌疲劳机制进行了初步的探讨。为培养高水平的临床医学人才指明了方向。
随着新世纪的来临，呼吸科再次步入了快速发展的新阶段。2002年被批准为博士学位授权学科。科室在短短的几年多时间里，先后开展了经纤支镜代胸腔镜医用OB胶治疗顽固性气胸、利用Bard针经皮肺穿刺活检术、经纤支镜高频电凝术、胸膜刷检术、放射性气管支架安置术、I¹²⁵粒子植入术、气道球囊扩张术治疗各种气道狭窄等多项国内较为先进的临床诊疗技术，大大拓展了呼吸系统疾病的诊治领域，进一步巩固了我科在西南地区领先地位。在基础研究领域，也得到了较大的进步：在肺癌研究方面，开展了肺癌耐药相关基因、耐药与染色体畸变关系的研究、姜黄素抗肺癌血管生成的研究、成功利用噬菌体抗体库技术筛选出人源性的抗CEA单克隆抗体；在COPD方面，对慢阻肺患者膈肌疲劳基础与临床进行了详实的研究，并自行成功研制出变频膈肌起搏治疗仪，取得了良好的临床效益；在肺间质纤维化方面，对肺纤维化的发病机制及治疗进行了初步探讨，并首先发现三七总甙在肺纤维化的治疗意义，具有良好的应用前景。
目前呼吸科人员51人，其中医疗系列14人，护理36人，技师1人。人员职务结构为：高级职称5人，中级职称8人，初级职称38人；学历结构为：博士学位5人，硕士学历以上4人，本科及其以下学历42人。目前我科现有博士导师2名，硕士导师4名，均具有较强的科研能力及扎实的临床功底。
科室现开展A、B两个病区，包括RICU病房，床位共81张，全科拥有医护人员50余人。科内配备有先进的呼吸机、肺功能仪、血气分析仪和纤维支气管镜等诊疗仪器，其学科规模和技术力量均达到国内先进水平。全科同志在学科带头人的领导下，齐心协力，立足临床，以病人为中心，急病人之所急，想病人之所想，致力于临床诊疗技术的开展与推广，解除患者的实际病痛，得到了广大患者的信任与好评。科室临床医疗水平处于西南地区领先地位，是一个技术力量雄厚，学术梯队合理，集医疗、教学、科研为一体的综合性临床学科。

1、微波热凝固及透热治疗中心型肺癌:该项技术已开展约10年，治疗肺癌及支气管良性肿瘤患者500余例次，能有效地清除阻塞支气管的肿瘤组织，使支气管重新恢复通气，缓解患者的呼吸困难，解除肺不张。
2、经纤支镜高频电凝及支气管腔内冷冻治疗技术: 是我科最近开展的一项治疗中心型肺癌及支气管良性病变和异物摘除的新技术，较微波治疗更迅速、彻底，已治疗患者近150例次，临床验证疗效较好。
3、气管-支气管记忆金属支架安置术及气道球囊扩张术治疗各种气道狭窄：对肿瘤、结核、外伤手术、气管切开术后等各种原因引起的气道狭窄（中心型及外压型均可）均有确切治疗效果，能明显缓解气道狭窄所引起的呼吸困难。对中心型肺癌患者，安置带内放射源的支架，能明显缓解患者的呼吸困难，显著提高生活质量，如配合全身化、放疗疗效更佳。带膜支架治疗气管食道瘘，效果确切。
4、内γ（珈玛）刀局部放射治疗周围型肺癌: 为我科在国内首先开展的治疗周围型肺癌的新技术，已治疗患者50余例次，疗效确切，有效率高（几乎100%），花费相对较低，副反应小，配合全身化疗效果更佳。
5、睡眠呼吸监测及睡眠呼吸暂停综合征（俗称打鼾症）治疗：该项技术能有效诊断出睡眠呼吸暂停综合征，并能根据病情提出治疗方案，对部分患者进行机械通气治疗，效果良好。
6、体外膈肌起搏治疗肺气肿：应用于肺气肿病人膈肌的康复治疗，可提高肺气肿患者的呼吸肌耐力和强度，改善肺功能，能明显改善胸闷、气促等症状，增强体力，提高生活质量，疗效肯定。
7、经胸腔镜肺大疱及肺破裂口OB胶粘连术治疗难治性、复发性气胸：我科是是目前西南地区唯一开展此项技术的单位，为难治性气胸的治疗提供了一条崭新的途径。
8、快速经皮肺活检术诊断肺部包块：对明确周围型肺部包块的性质有重要价值，阳性率在98%以上。
9、应用胸膜活检术诊断各种原因不明的胸腔积液：应用我科自制的胸膜活检针行胸膜活检术，操作简单，患者痛苦小，阳性率较高，多年来的临床应用表明其为诊断各种原因不明的胸腔积液的一种有效方法。
10、电子胸腔镜检查术：对胸膜疾病病因诊断（尤其是常规胸膜活检未能明确病因者）及自发性气胸破裂口位置的判断具有重要价值。
11、引进高档肺功能仪检测肺功能，并可行支气管激发及舒张试验诊断支气管哮喘。12.无痛苦纤支镜检查技术：我科在国内首先将无痛苦技术引入纤支镜检查中，可以使患者在短暂的睡眠状态下完成纤支镜检查过程，完全避免了传统纤支镜检查给患者带来的生理和心理上的痛苦或不适，为更多的患者所接受。

于1996年、1999、2002、2003、2007年先后五次荣获集体三等功。
共获得实用新型专利16项。
军队科技进步三等奖5项；医疗成果三等奖3项；重庆市卫生局科技进步二等奖1项；重庆市科技进步三等奖1项；重庆市第三届优秀电教科研成果二等奖。
等渗饮料对维持人体水电解质和酸碱平衡的评价（协作）。1980年军队科技进步三等奖。
地下建筑通风效果卫生学评价和舒适带范围研究（协作）。1988年军队科技进步三等奖。
支气管结石的诊断与能谱及电镜分析。1991年军队科技进步三等奖。
流式细胞计数在肺癌诊断中的价值。1993年军队科技进步三等奖。
钙调素与肺癌关系的探讨。1993年军队科技进步三等奖。
MTC对肺癌的临床应用与基础研究。1994年重庆市卫生局医学科技进步一等奖。
MTC对肺癌的临床应用与基础研究。1995年重庆市科学进步三等奖。
纤支镜检查在呼吸系统疾病中的临床应用。1995年军队科技进步三等奖。
纤维支气管镜检查 2002年重庆市第三届优秀电教科研成果二等奖。

部分主、参编书目
主编书目：
《现代老年呼吸病学》1998年，人民军医出版社。
《临床急症》2006年，辽宁科学技术出版社。
《呼吸疾病鉴别诊断与治疗学》 2007年，人民军医出版社。
参编书目：
《老年内科常见疾病》1991年，重庆出版社。
《现代肺部感染学》1996年，人民军医出版社。
《袖珍临床常用药物手册》1997年，重庆出版社。
《新编急救护理学》2000年，重庆大学出版社。
《感染病学新进展》2001年，人民卫生出版社。
《现代护理管理学》2001年，重庆大学出版社。
《呼吸系统疾病非典型表现与诊治》2006年，山东科学技术出版社。